С другой стороны ярким примером проблем и тяжелых последствий, к которым ведет неправильное решение организационных вопросов, связанных с реализацией результатов тестирования на полиграфе, является хорошо известный случай с бывшим агентом советско-российской разведки Олдриджем Эймсом – в то время шефом контрразведывательного подразделения Восточного блока ЦРУ. В ходе очередного планового (фактически скринингового) тестирования полиграфолог зафиксировал у него "значимые" реакции на вопросы о связи с одной из разведок стран Восточного блока. В этом случае и полиграф, и примененная методика тестирования сработали со 100-процентной эффективностью, но полиграфолог, которому было предоставлено право вынесения окончательного заключения по результатам испытания на полиграфе, дал слабину, поверил "версии" Эймса относительно возможных причин зарегистрированных реакций и отпустил его с миром, дав ему возможность еще несколько лет работать на иностранную разведку. Перепроверки полученных с помощью полиграфа результатов проведено не было. Таким образом, не сработала единая система обеспечения безопасности, а точнее организация совместного использования полиграфа и других специальных средств перепроверки и подтверждения получаемой с его помощью информации. Когда, правда уже по другой причине, не связанной с полиграфом, эти специальные средства были задействованы, Эймс очень быстро был разоблачен и арестован.
Кстати, случай с Эймсом противники полиграфа часто используют в качестве "сильного" аргумента в поддержку своей позиции, но, как мы видим, они сильно заблуждаются. Полиграф в этой ошибке не виноват, поскольку её истинные причины лежали в нерешенности организационной проблемы.

Методические проблемы
Трудностей и проблем с нормативно-правовым и организационным обеспечением использования полиграфа в правоохранительной деятельности и кадровой работе было бы гораздо меньше, если бы объективно не существовала
обширная группа методических проблем, которые условно можно разделить на три основные категории:
1) проблемы, связанные с собственно технологиями (методиками) тестирования с использованием полиграфа;
2) проблемы, обусловленные существующей практикой подготовки специалистов – полиграфологов;
3) проблемы, порождаемые низким качеством используемой аппаратуры (полиграфами).
Рассмотрим каждую из этих категорий проблем более подробно.
1) Проблема создания и применения в конкретных условиях тех или иных методик тестирования на полиграфе является настолько обширной и сложной, что в рамках данной статьи начинать ее развернутое обсуждение не представляется возможным. Необходимо отметить только, что очень часто проблемы практического использования любого прикладного метода, в том числе и тестирования на полиграфе, бывают связаны не столько с внутренними методическими дефектами, но главным образом, с порочной практикой его неправильного применения. Есть масса ужасающих, леденящих кровь примеров абсолютно безграмотного применения полиграфа, о которых, в частности, говорил на Конференции В.В.Коровин. Много возмутительных примеров порочной практики использования полиграфа можно увидеть и в блогах Интернет-форма фирмы ЭПОС. После прочтения приводимых там фактов создается впечатление, что определенная часть полиграфологов в России осуществляет над ее гражданами масштабный эксперимент. Чего они только не делают, как только не издеваются над несчастными людьми. Причем не над штатными испытателями, на которых разрешено разрабатывать новые методы, но которым за это надо и платить, а над случайным простыми гражданами, которые по стечению обстоятельств оказался на полиграфе. Мысли о грубейшем нарушении прав этих людей даже близко не появляются в головах у этих "специалистов"-полиграфологов, а непрерывно продуцируемые ими "новые" методики отличаются поверхностностью, непродуманностью и прямо свидетельствуют о невежестве и слабой профессиональной подготовке их авторов.
Таким "инноваторам" необходимо напомнить, что прикладная психофизиология, разделом которой является прикладное применение полиграфа с целью оценки достоверности высказываний (утверждений) человека, – это мощная прикладная дисциплина, имеющая прочный методологический фундамент, которая не нуждается ни в псевдоэкспериментах, ни в псевдоисследователях. У нее есть фундаментальная теоретичнская и практическая база. В ней уже давно наработаны надежные и проверенные исследовательские технологии, которые не требуют никаких доработок "на ходу", и которые нуждаются только в правильном применении и в хорошем знании граничных условий их применимости. Если и возникает необходимость коррекции этих тщательно отработанных технологий или создания действительно новых методов, то это нужно делать профессионально, следуя принятым в науке стандартам и критериям. Создание нового метода – это тоже профессиональная деятельность, требующая глубоких знаний и практических навыков, а попытки непрервыного предложения "новых" методик с целью компенсировать отсутствие профессиональных знаний и навыков должны немедленно пресекаться. Практические мероприятия – не место для проведения экспериментов.
Важнейшими характеристиками любых прикладных методов является их научная обоснованность (валидность), точность и надежность. К сожалению, прикладных методов без ошибок не бывает, и у каждого полиграфолога, как и у врача, неизбежно имеется свое профессиональное "кладбище" – это те несчастные люди, в отношении которых он сделал ошибочные выводы, и, возможно, серьезно покорежил их судьбы. Об этом никогда нельзя забывать, а поэтому полиграфологам не стоит с гордостью заявлять о проведении, например, 10 тысяч обследований. Им стоит помнить, что в 1000 из них ими были допущены ошибки (если мы будем считать относительную точность метода порядка 90%, что вполне соответствует реальным оценкам). Причем врач, как правило, помнит все свои ошибки, а многие современные полиграфологи часто даже не задумываются о них. Каждый полиграфолог должен знать, помнить и постоянно анализировать свои ошибки.

2) Проблема качественной подготовки специалистов-полиграфологов является острейшей, а ее корни кроются в отсутствии единых стандартов обучения и жестких требований к оценке качества подготовки и переподготовки специалистов. Достаточно подробно и убедительно основные недостатки существующей сегодня в России системы подготовки полиграфологов были изложены в выступлениях на Конференции Ю.И.Холодного и В.В.Коровина. Все сказанное ими совершенно правильно, но особенно хочется обратить внимание на аморальность такой формы подготовки полиграфологов, как заочное обучение по Интернету. Такого в истории полиграфа еще не было! У нас в России много перегибов в связи с переходом к псевдокапиталистическим отношениям в обществе и экономике, но это уже явный перегиб. Никто не отрицает коммерческую направленность применения полиграфа, но надо все же знать меру и понимать, что нельзя зарабатывать деньги на здоровье и на судьбах людей.
Можно ли себе представить заочное обучение хирурга, психолога или, например, токаря или парикмахера? С трудом. Кстати, парикмахера учат не менее полугода, а полиграфолога обещают заочно подготовить за 2 недели. Кроме того, заочно подготовленный парикмахер, скорее всего, очень быстро понесет наказание за качество своей работы. А заочник-полиграфолог? Кто будет расплачиваться за его ошибки. Здесь мы имеем дело с появлением очень серьезной проблемы, которая, если ее не ликвидировать в зародыше, просто вынудит общество восстать против прикладного использования полиграфа и запретить полностью всю эту сферу деятельности.
Главное в работе полиграфолога - это практические навыки, которыми овладеть заочно в принципе невозможно. Полиграфолог, как и токарь, парикмахер, швея, врач, психолог – все они могут учиться только очно. Общие принципы и теорию можно преподавать дистанционно, но практические навыки могут быть переданы и усвоены только через личное общение с учителем и мастером.